1990.ean eraikin berria egitea planteatu zen, aurretik zegoen hornikuntza egokitzat jo ez zelako.
1991-92 ikasturtean Pasaia Donibaneko eskola publikoa itxi egin zen eta, gaur egun, herri horretako haurrak eta gurasoak gure eskolako partaideak dira.
1995.ean eskola berria inauguratu zen, denborarekin Haur Hezkuntza eta Lehen Hezkuntza bilduko zituena eta Lezo Herri Eskola izena duena.
1996.ean DBH-a ezarri zen eta lehenago Joanes Etxeberri deitzen zen eskolan kokatu. Hau da gaur egungo Lezo Institutua.
